완도수목원은 입장료와 별도로 수목원 유료주차장 요금을 부과한다. 공식 요금표의 1일 기준 주차비는 대형 5,000원, 소형 3,000원, 경차 1,500원이다. 그러나 수목원 입구의 무료주차장을 이용하면 주차요금을 절약할 수 있으며, 그 무료주차장에서 정문까지 약 300m 도보 이동을 감수하면 된다. 유모차·이동약자 가족은 이 보행 구간을 고려해 주차장을 선택하자. 공식 이용수칙은 수목원 안으로 차량 진입과 반려동물 출입을 금지한다. 간단한 도시락과 물은 허용하지만 취사·흡연·쓰레기 방치는 금지된다. 가져온 쓰레기는 되가져가야 하며 식물이나 종자를 훼손·채취해서는 안 된다. 주차장 실제 빈자리는 미리 확인할 필요가 있다.