서대문자연사박물관은 공식 요금 안내에서 현재 입장권 사전 예매를 운영하지 않으며 현장 발권만 가능하다고 밝힌다. 개인 입장료는 성인(19~64세) 7,000원, 청소년(13~18세) 4,000원, 어린이(5~12세) 3,000원이다. 4세 이하와 65세 이상은 무료 대상이다. 서대문구민은 신분증과 주민등록등본 등 공식 기준에 따른 거주 증빙 두 가지를 준비해야 무료 입장할 수 있다. 다만 무료 입장자에게도 주차료가 따로 부과된다. 매월 마지막 수요일 '문화가 있는 날'에는 20% 감면 조건이 있으나 다른 할인과 중복되지 않는다. 감면 요건과 적용 일자를 매표소에서 확인하자.