서대문자연사박물관 편의시설인 '나무홀'은 지참한 음식을 먹고 쉬는 공간이다. 약 80석이 마련되어 있으며 운영시간은 10:00~17:00이다. 그러나 지하 중층에 있어 아트갤러리 옆 계단으로 반 층 내려가야 한다. 공식 안내는 엘리베이터로 이동할 수 없다고 명시한다. 휠체어 사용자는 나무홀 이용 대신 다른 휴게공간 유무를 기관에 문의하는 것이 필요하다.

음식에도 제한이 있다. 컵라면 등 즉석 가열식품과 중국음식, 주류는 반입할 수 없다. 냉수기는 있지만 온수기는 없으며, 가방으로 좌석을 미리 차지하거나 쓰레기를 남기는 것도 금지한다. 유아 동반 가족은 계단 이동과 음식 준비를 고려해 관람 전 계획을 세우자.