국립세종수목원은 3~10월 화~일요일 09:00~18:00(최종 입장 17:00), 11~2월 09:00~17:00(최종 입장 16:00)로 기본 안내한다. 월요일, 1월 1일, 설·추석 당일과 보수 기간에는 휴관하며 월요일이 공휴일인 경우 다음 날 쉰다. 10월의 야간개장 등 특별 운영시간은 기본 안내와 다를 수 있다.
일반 입장권은 온라인으로 예약 구매하거나 현장 방문자센터 매표소와 무인키오스크에서 발권한다. 기본 개인요금은 성인(만19세 이상) 5,000원, 청소년(13~18세) 4,000원, 어린이(7~12세) 3,000원이다. 20인 이상 단체는 성인 4,000원, 청소년 3,000원, 어린이 2,000원이다. 같은 날짜의 입장권으로 재입장이 가능하지만 다음 날 사용은 불가하다.
단체 인솔자 무료입장은 해당 유료 교육·여행사·학교현장체험학습의 조건을 충족하는 경우로, 인솔자 10명당이 아니라 관람객 10명당 인솔자 1명 무료 기준이 적용된다고 공지한다. 무료 또는 할인 대상은 증빙서류를 가지고 유인매표소에서 발권해야 한다. 전 구역에 반려동물을 데려갈 수 없으며 법령상 장애인 보조견은 예외다. 음식물·킥보드·자전거·드론 등도 반입이 제한된다.