국립세종수목원의 공식 연간회원 혜택 안내는 일반회원 1년 30,000원, 해당 수목원이 위치한 지역 주민용 지역회원 1년 15,000원, 평생회원 1,000,000원, 무료 입장 대상자를 위한 어울림회원 무료 1년으로 구분한다. 일반회원은 가족 추가 시 1인당 10,000원이며 추가 가족의 증빙서류를 기관에서 제출해야 한다. 홈페이지에서 개인회원 가입을 신청해 전자결제를 완료하면 모바일 회원증은 즉시, 실물카드는 해당 수목원에서 직접 수령해야 하며 우편으로 보내주지 않는다. 현장 가입은 실물카드만 발급된다. 가든샵·카페 할인과 교육비 혜택은 회원 유형에 따라 다르므로 가입 전 표를 확인하자. 회원증은 본인 사용이 원칙으로 양도가 불가하며, 일반·지역회원의 환불 신청 기한은 가입 후 30일 이내로 안내한다.