부산해양자연사박물관은 09:00~18:00 운영하며 입장은 17:00에 마감하고 관람료는 무료다. 월요일과 1월 1일에 휴관하며 월요일이 공휴일이면 다음날 휴관한다. 박물관 안에 자체 주차공간이 없으므로 인근 공영주차장으로 가야 한다. 공식 안내의 주차요금은 소형 승용차 10분당 200원·1일 최대 4,700원, 30인승 이하 중형버스 10분당 400원·최대 9,400원, 45인승 대형버스 10분당 600원·최대 14,100원이다. 주차장은 별도 유료시설이며 경차·다자녀가정 등은 50% 감면 안내가 있다. 실제 자리와 감면 가능 여부는 주차장(051-555-4882)에 확인한다.